みなし住民税という表現が適切なのかわかりませんが、 日本で雇用した人を海外赴任させる場合は、
海外勤務によっても手取り所得が日本勤務のときと変わらないようにする為の処置を取っている会社が多いかと思います。
この措置については、
現地の方が税金の負担が多い場合は、会社側が個人に変わって税金を負担する措置を取る場合が多いです。
現地の方が税金の負担が少ない場合は、本人に税金を負担をさせている場合が多いです。
今回のみなし住民税についても、実際に発生している税金では無く、
あくまでも海外赴任によって手取りの給与額が変動しないようにするようにする為の措置かと存じます。
その為、将来的に発生する分までを退職時に徴収する必要はないかと存じます。