清算関連費用を差し引いても一定の残余財産が残る可能性がある為、Winding upの手法を選択する形がよいかと存じます。
仮に税務調査等が入り、高額の利息やペナルティ等の支払いが発生する場合はStriking offに手法を変更するシナリオも考えられます。
こちらについては清算手続き開始までに債権債務整理や税務調査対応等を行う必要があるため、その段階にて判断を行う必要があります。