事実上フィリピン側の給与を計上せずして社会保険料の源泉を行うのは不可能です。
社会保険料の源泉は飽く迄も雇用契約書上に記載のある給与を基に計算・源泉されます。
しかしながら、Voluntary(自主的納付)を行うことは可能です。
SSS(Social Security System、フィリピン社会保険機構)
>>https://www.sss.gov.ph/sss/appmanager/pages.jsp?page=separatedregistration
PhilHealth(フィリピン健康保険公社)
>>https://www.philhealth.gov.ph/members/informal/registration.html
Pagi-Big >>https://www.pagibigfund.gov.ph/document/pdf/circulars/provident/HDMF%20Circular%20No.%20274%20-%20Revised%20Guidelines%20on%20Pag-IBIG%20Fund%20Membership.pdf
以上となります。