収益が300万ペソ以下の企業である場合、VATが課税されません。
しかし、基本的にはフィリピン国内で取引が発生する場合、VATは課税されます。
支店や現地法人に切り替えるとフィリピン国内での取引は必然的に行われるかと思いますので課税対象になります。