今回の場合は、VATの対象となっている取引が、委託業者⇔配送業者間のものと理解しております。

そのうえでこの取引に係るVATを実費のような形で請求しているのかとお見受けしております。

この場合は、その配送業者をどのように手配したか、契約はどうなっているか、の2点が論点になるかと存じます。

・貴社がその業者を手配されている場合、VATを請求されるのは自然なものかと存じます。

・物流業者様がご手配の場合、契約上でVATをどちらが負担するかを取り決めることになるかと存じます。

基本的にVATが免除されるのは、国境を挟む取引（特に輸出）の場合になります。

物流業者様と貴社の間の契約は国際契約ですが、今回のVAT自体は国内取引として発生しているかと存じますので、

その点は一度物流業者様と契約内容の話し合いをする必要があるかと存じます。